Kéthelyen 1720-ban kezdte meg működését az iskola, a plébánia XVlll. századbeli újjászervezését követően, és a Tanácsköztársaság néhány hónapját kivéve 1848-ig egyházi kezelésben volt.
Bár a közoktatás ügyét állami felügyelet alá helyező Mária Terézia féle koncepció még az első Ratio Educationis (1777.) előtt elrendelte az iskolák összeírását, hangsúlyozta a népoktatás fontosságát, az akkori jobbágyszülők hasznosabbnak vélték, ha gyermekeik az iskolába járás helyett inkább az állatok őrzésével foglalkoznak. Az 1789-i összeírás szerint 123 volt az iskolaköteles gyerekek száma Kéthelyen, de mindössze 39 tanuló járt iskolába.
A második Ratio Educationis (1806.) után is csak lassan javult a beiskolázási arány, bár Bertalan Ferenc kéthelyi plébános ezer forintos alapítványt tett az oktatás javára. Még 1820-ban is csak 65 gyerek járt iskolába, ahol csak írást, olvasást és hittant tanultak.
Az 1867-es kiegyezés már kedvező légkört teremtett falunkban az oktatás javításához.
1871-ben a Hunyadi család által adományozott telken felépült a zárda épülete, amelyben szervezett keretek között megkezdődhetett az iskoláskorú leányok oktatása. Az oktatást a Szent Vince tanait követő irgalmas rendi apácák végezték, nagyon jó színvonalon. A XIX. század végén a templom szomszédságában felépült a Szent Imre nevét viselő fiúiskola, ami községi tulajdonban és a római katolikus iskolaszék kezelésében működött. A századfordulón, és az azt követő évtizedekben mindkét iskolát folyamatosan bővítették 2, 3, ill. 4 tantermesre, és ezzel együtt nőtt a tanítók száma is 3-ra, majd 4-re.
A kezdetektől egészen 1945-ig maximálisan 6 osztállyal működött az iskola. Az írást, olvasást és hittant később kiegészítették számolás, élővilág, földrajz, nyelvtan, beszéd- és értelemgyakorlat, fizika, vegytan, egészségtan, polgári jogok, ének, rajz és torna tantárgyakkal.
A XIX. század második felében egy rövid ideig zsidó iskola is működött községünkben 20 tanuló részvételével.
1948-ban Kéthelyen is bekövetkezett az iskolák államosítása és összevonása. A Szent Vince tanait követő zárda pedagógus nővérei nem vállalták a munkát abban az állami iskolában, amelynek nem titkolt törekvése volt az övékével ellentétes világnézetben nevelni a falu ifjúságát. Ettől kezdve az oktatás koedukált csoportokban, és 8 osztályos képzésben folytatódott. Az első években az oktatás a volt fiúiskolában, 7 szükségtanteremben, több mint 400 tanulóval folyt egész nap. A zárdaépületet 1954-ben alakították át tanítási célra. Így négy szükségtanteremhez jutott az iskola, sőt az udvaron álló volt mozi terem átalakításával már tornaterem is lett. Az 1966/67. tanévre elkészült az új épületrész, és a korábbi szükségmegoldásokat felváltva ettől az időponttól egy épületbe került az oktatás és nevelés. Az iskola avatására az 1966/67. tanév záróünnepélyén került sor.
Az 1967/68. tanévben megszüntették a somogyszentpáli iskola önállóságát, és mint körzeti tagiskolát Kéthelyhez csatolták. Ekkor a tanulólétszám 368 fő volt.
1968. november 25-én százak jelenlétében leleplezték az iskola bejárata előtt Olcsai Kiss Zoltán az „Olvasó lány” nevet viselő szobrát. Az emlékezetes ünnepségen maga a Kossuth-díjas művész is megjelent.
1986-ban felépült a tornaterem, amely akkor szinte egyedülálló vállalkozás volt a környék települései között. Az 1992-re elkészült tetőtér beépítéssel tovább javultak a feltételek, és teljessé vált a szaktantermi rendszerű oktatás.
Nyugodtan mondhatjuk, hogy iskolánk több száz éves múlttal és hagyománnyal rendelkezik, amelyet ma is a folyamatos korszerűsítés és fejlesztés jellemez. Erre többek között az is kötelez bennünket, hogy 1999-ben névadónknak Széchenyi Istvánt választottuk.
2000. szeptemberétől iskolánk az elsők között kezdte el a Comenius minőségfejlesztési modell kiépítését, amelytől a folyamatos fejlesztést, a folyamatszabályozás korszerűsödését, a szervezeti kultúra fejlődése mellett a partnerközpontú működés erősödését, és a szolgáltató jelleg fokozódását reméltük. Az elmúlt években a sikeres fejlesztés eredményeként az OM bázis intézményként több mint 10 iskolának segítettük a minőségfejlesztési tevékenységét.
Hagyomány és korszerűség, a múlt és jövő szerves összekapcsolása – ez pedagógiánk, nevelő munkánk mostani üzenete. Éppen ezért nagy szerepet szánunk a hagyományok ápolásának és kiépítésének, az elődök és tetteik tiszteletének, szeretetének.